Nanoha Takimichi es una niña normal de tercer grado del área del Kanto. Con sus amigas Alicia y Suzuka ella vive una vida idílica hasta que recibe el llamado de una entidad. Cuando se aproxima al sitio de donde siente la llamada, encuentra a un hurón herido en medio del parque cuando cambia de clases. Ellas llevan a la pequeña criatura a la veterinaria, pero en la noche Nanoha recibe de nuevo su llamado. Esta criatura se presenta como Yuuno Scrya, un mago que busca las Jewels Seeds, una peligrosa tecnología antigua. Sin preparación, sin entrenamiento y sin conocimientos mágicos, Nanoha se ve obligada a usar una varita (el Raising Heart) para casar y detener a la primera de las Jewel Seed en su haber (la segunda capturada por Yuuno).
Ojo! Spoilers!
Debido al estado de debilidad de Yuuno, Nanoha toma bajo su mando la tarea de recolectar las Jewels Seed, aprendiendo de paso conocimientos sobre responsabilidad, valor y determinación. Pero mientras intenta recuperar una joya en la mascota de una amiga, Nanoha conoce a Fate Testarrosa. Ella es una maga de su edad pero del mismo origen que Yuuno, la recién aparecida hace gala de sus conocimientos y de su entrenamiento; obstaculizando, amenazando e incluso hiriendo a Nanoha con tal de ganar su disputa por las Jewels Seed. Todo esto bajo la mirada inflexible de su sádica y descorazonada madre, que le hace la vida imposible a pesar de su devota fidelidad.
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Gracias a un choque por la disputa de una Jewel Seed se produce una fisura en el espacio tiempo que llama la atención de la Oficina Administrativa del Tiempo y Espacio. La nave asignada en la zona, la Asura, lleva a cabo un análisis tras lo cual la capitana Lindy Harlaown envía a su hijo Chrono a detener la actividad. Este captura voluntariamente a Nanoha y a Yuuno (lo que le permite a Nanoha descubrir que Yuuno no es un hurón sino un niño de su edad). La capitana convence a Nanoha de unirse en su búsqueda de las Jewels Seed y ella adopta esta misión con una gran perseverancia.
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Nanoha y Fate compiten por recoger las restantes Jewels Seed, pero debido a la desesperación Fate activa seis que se encuentran en el océano de forma simultanea. Desesperada, Nanoha apoya a Fate en su cruzada y cuando termina le da a entender que el único pago que desea es ser su amiga. Lamentablemente la madre de Fate interviene y tres de las joyas quedan en su posesión. Decepcionada por sólo tener nueve, Prescia Testarrossa muele a golpes a su hija, cuando su guardiana Arf reclama por el maltrato esta la despedaza de un ataque y cae al planeta tierra herida en su forma de perro.
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La Oficina da con su paradero y ella llega a un acuerdo con los líderes de esta entidad. En el mismo parque donde casi las detienen, Nanoha apuesta sus gemas contra las de Fate a una lucha final entre ambas. A pesar de la experiencia y la habilidad de Fate, Nanoha la sobrepasa a punta de poder. Cuando se declara derrotada, Prescia roba las gemas de su hija y la abandona para que la arreste la oficina. Pero la Asura establece las ubicación de la maga y manda a un equipo para arrestarla. El primer asalto sale terriblemente mal y aquí es donde se revela la horrible verdad. Fate es un clon de Alicia, la hija de Prescia Testarrosa. La niña murió durante uno de los experimentos de su madre, que esta obsesionada con viajar a El Hazzard, la mítica ciudad de la primera raza, que fue la que desarrolló la magia que se usa entre los mundos. Y lo único que siente Prescia por su “muñeca” es el más absoluto desprecio.
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Guiados por Chrono, Nanoha, Yuuno y Arf tratan de abrirse paso en el Jardín del Tiempo de Prescia. En estado catatónico, Fate enfrenta el horror de no saber quien es, pero por primera vez decide que va a ser ella misma. Ella regenera su varita (Bardiche) y apoya al equipo en su misión de desconectar la energía que mantiene activa las Jewels Seed que están desestabilizando esa parte del universo. Nanoha logra hacerse con la fuente de energía, pero a pesar de encontrarse derrotada y acorralada por Chrono, Lindy, Fate y Arf, ella no se rinde. Lamentablemente Prescia cae por el jardín que se desintegra, negándose a recibir la ayuda de Fate. Al final, Nanoha convence a Fate de sobrevivir.
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Fate tiene un oscuro futuro por delante. Condenada por su complicidad en el evento, a ella la espera una larga condena y lo único que puede esperar es misericordia por su papel en la pelea final. Nanoha regresa a su vida normal, y pasan algunos meses antes de recibir una llamada de la oficina. Los jueces han entregado a Fate bajo la custodia de la Oficina de Tiempo y Espacio para que cumpla su condena. Como último favor, Chrono reúne a las jóvenes, donde Fate le confiesa que desea ser su amiga y ambas intercambian listones para estar en la mente la una de la otra hasta la próxima vez que se reúnan.