Neoverso

Han pasado seis meses desde el evento de las Jewel Seeds. Nanoha y Fate han estado intercambiando numerosos correos y videos. Sin embargo, la Oficina de Administración de Espacio-Tiempo está en una encrucijada bastante severa. Por un lado están las conclusiones finales del juicio sobre Fate Testarrossa y Arf, por otro están desapareciendo investigadores en así como el robo de energía mágica. Dado que la Asura va a ser decomisionada por mantenimiento, la almirante Callohourn ordena el traslado de Fate, Chronos, Arf y Yuuno a la tierra para investigar el episodio. Por su parte, Nanoha sigue entrenando pero un día su vida normal se ve interrumpida por una misteriosa atacante. Con la forma de una niña con un martillo de guerra, ella no le da tregua y destruye parcialmente su Raising Heart. Cuando le va a dar el golpe de gracia, Fate aparece junto con el equipo gracias a las órdenes recibidas.

Fate enfrenta a la desconocida pero aparece un nuevo adversario, una mujer con una espada muy particular junto con un familiar. Fate y Arf se enfrentan a esta nueva amenaza mientras Yuuno cura a Nanoha para volver a la pelea junto con Cronos. La pelea se ve igualada, debido a que existe un campo de magia en torno a su posición Nanoha desobedece la sugerencia de Yuuno y sale del campo de protección para usar el Raising Heart para destruir la barrera. Ese momento lo aprovecha una misteriosa criatura que le arranca su controlador de magia y le roba sus poderes. A pesar de esto Nanoha rompe la barrera y las desconocidas huyen ante el amparo de la noche.

Fate y Nanoha se recuperan en las oficinas principales de la organización de espacio-tiempo. Lamentablemente Bardiche y Raising Heart recibieron daños masivos que los sacan de operación. El tiempo libre lo aprovecha para estudiar a las tres guerreras Volkenritter, las que atacaron a Nanoha. Ellas son Vita, Signus y Shamal, junto a su familiar Zaphira. El objetivo de estos guerreros es completar el Libro de la Oscuridad, el cual fue la causa de la muerte del esposo de la almirante Callohourn y el padre de Chronos. Debido a las reparaciones del Asura el equipo se establece en la Tierra en la vecindad de Nanoha, lo que le permite a Fate integrarse a la escuela de su amiga e iniciar una relación de madre-hija con la almirante. Sin embargo, los objetos mágicos de ambas pasan más tiempo de lo debido en reparaciones porque estos exigen que se incorporen los componentes necesarios para enfrentar la nueva amenaza.

Las Volkenritter llevan a cabo misiones en mundos mágicos para conseguir llenar más páginas del Libro de la Oscuridad, pero la organización les pisa los talones con mucha habilidad. En un la siguiente oportunidad el organismo logra crear una barrera mágica donde atrapan a Signus y Vita, pero con la ayuda de un misterioso aliado Shamal sacrifica varias páginas del libro para romper la barrera y rescatarla. Debido a esto Yuuno solicita ayuda a Chronos para investigar en la biblioteca. Así este conoce al almirante Graham y sus familiares las gemelas Alia y Lotte Liese. Como ellas son las encargadas de la biblioteca estas le prestan ayuda a Yuuno (con la intención de comérselo a la menor oportunidad). Por su parte, las Volkenritter recuerdan la primera vez que aparecieron ante su ama, Hayate Yagami, una dulce y sensible niña, inválida desde que tiene memoria y que perdió a sus padres trágicamente unos años antes de encontrar el libro. Los cuatro se convierten en su nueva familia, pero descubren que el libro le está robando la vida a su ama, por lo que a pesar de que lo prohibió explicitamente ellas comienzan a recolectar la magia para activarlo.

La prisa por llenar el libro provoca que Nanoha y Fate ataque por separado a Vita y Signus en diferentes mundos. Para la perplejidad de Amy, el misterioso aliado protege a Vita y roba la magia de Fate casi simultáneamente. Esto combinado con el hecho de que los sistemas de vigilancia fueron intervenidos por alguien con conocimiento de la Oficina. Cuando Hayate recae de su enfermedad, los Volkenritter entienden que el libro se tragará a Hayate antes de completarlo. Es aquí que Nanoha y Fate visitan a Hayate en el hospital por intervención de una amiga mutua, Suzuka. Para la víspera de Navidad, las niñas deciden hacer una visita sorpresa y se descubre la verdad. En la lucha por eliminar a Nanoha y Fate antes de que avisen a la Oficina de que Hayate es su ama, los Volkenritter son absorbidos uno por uno en el libro por el aliado desconocido (que resultan ser dos), quienes se disfrazan de Nanoha y Fate para hacer que Hayate pierda el control y se transforme en la portadora oficial del libro de la oscuridad.

Las amigas quedan a cargo del problema, con una Hayate furiosa que desea exterminarlas por lo que han hecho. Lamentablemente, los aliados misteriosos son capturados por Chronos que descubre su verdadera identidad, las gemelas Liese. Este conocimiento lo guía hasta el almirante Graham, el cual siempre ha sentido culpa por la pérdida de padre de Chronos. Por eso se ha hecho pasar como pariente de la niña y ha preparado todo para encerrarla junto con el libro en otra realidad alterna por medio del sistema Durandal. Mientras tanto, en medio de la lucha contra el Libro, Nanoha y Fate quedan al descubierto ante sus amigas Suzuka y Alisa. Luego de ser evacuadas, el libro envía a dormir a Fate, que es absorbida ante la consternación de Nanoha.

Fate despierta en una realidad donde su madre y su hermana Alicia continúan con vida. Eso es todo lo que ha soñado, pero ella sabe por instinto que eso está mal. A pesar de que es su deseo, la misma Alicia le devuelve a Bardiche para que haga lo que considere mejor. Por su parte, Nanoha toma un riesgo al activar por completo el Excellion Mode (aunque el Raising Heart no está preparado para soportar ese poder). Entre ambas logran despertar el corazón de Hayate, que interviene y logra controlar la parte operativa del libro y la separa de la parte descompuesta. Ella le brinda un nuevo nombre al libro (Reinforce) y cambia a niña mágica para apoyar a Nanoha en la pelea.

Con la parte operativa (la encargada de guardar la magia) separada de la parte descompuesta del libro (la destructiva); reaparecen los guerreros Volkenritter que se alegran de tener de nuevo a Hayate. Pero la parte descompuesta del libro va a entrar en fase crítica en minutos. Con el tiempo en contra, Hayate viene con la propuesta de enviarla al espacio, para que el cañón Arc du Ciel del reacondicionado Asura se haga cargo. Tras una larga pelea, los familiares logran encontrar el núcleo y lo envían al espacio donde es vaporizado fuera de la vista de todos.

Aunque todo ha terminado, Reinforce sabe que el libro podría descomponerse de nuevo, por eso pide a Nanoha y Fate que lo destruyan. A pesar del reclamo de Hayate ella parte feliz y se transforma en un nuevo instrumento operativo al estilo de los artefactos de la Oficina de Tiempo y Espacio. Luego, llega el momento de decidir que hacer con su vida. Nanoha, Fate y la almirante terminan confesando la verdad a todos. Pasan seis años, las niñas ya están en preparatoria. Fate es adoptada por la almirante Callohourn, Nanoha y Hayate siguen trabajando para la Oficina. Pero ante todo, las tres continúan siendo grandes amigas, junto con sus artefactos mágicos.