Cientos de años atrás, Arceus evitó el impacto en la Tierra de un meteorito, salvando así a humanos y pokémon, y quedando gravemente herido. Un humano cuidó de él hasta que mejoró, y como muestra de gratitud le concedió a él y a Pueblo Miichina la posesión temporal de la Joya de la Vida para que prosperasen felizmente. Cuando llegó la fecha, no se le devolvió la joya a Arceus, lo que provocó que el pokémon entrase en un profundo sueño. Se dice que cuando Arceus vuelva a despertar, la ira de la traición le hará juzgar a toda la raza humana.
Ash y sus amigos llegan a Pueblo Miichina para observar unas misteriosas ruinas situadas junto al lago, pero un tornado aparece y engulle a alguno de los pokémon de Ash. En medio de la confusión, una chica aparece y, bajo oraciones, consigue invocar a Dialga para que rescate a estos pokémon. La chica invitará después a los protagonistas a conocer las ruinas, mientras les explica la ley del Espacio-Tiempo, y cómo Dialga, Palkia y Giratina están conectados a ella. Asimismo, la muchacha tiene la misión de entregar la Joya de la Vida a Arceus justo cuando despierte, para evitar así el juicio al planeta.